Gli eretici erano così numerosi da organizzarsi addirittura in una Chiesa clandestina, con propri vescovi di cui conosciamo i nomi e la cronologia. La Chiesa più importante, quella milanese, contava secondo i calcoli degli inquisitori duecenteschi non meno di 1.500 «perfetti», gli iniziati che costituivano la ristretta ossatura gerarchica e dottrinale del movimento. In Italia si rifugiarono vescovi e perfetti in fuga dalla Francia, e nel Duecento sedeva in permanenza a Sirmione un sinodo di vescovi catari, italiani e occitani (la sede, notiamolo, non venne scelta per le sue amenità turistiche, ma perché gli iniziati non mangiavano carne e potevano nutrirsi soltanto di pesce). L' apparente impunità con cui i catari si muovevano in Italia ebbe fine solo quando il trionfo del guelfismo parve certo, e l' Inquisizione ebbe il permesso di muoversi senza troppi intralci politici. Si registrò allora l' episodio più spettacolare e terrificante della repressione in Italia, con la distruzione della colonia di Sirmione. Nel 1276 una retata organizzata dagli inquisitori veronesi portò all' arresto di ben 166 catari, che vennero poi bruciati tutti insieme nell' Arena di Verona il 13 febbraio 1278. Alcuni scampati si riunirono sul lago di Como, protetti da una straordinaria omertà.
In seguito le notizie sul movimento, decapitato e costretto alla totale clandestinità, si fanno sempre più scarse, anche se gruppi isolati continuarono a resistere per molto tempo: l' ultimo è segnalato a Chieri presso Torino, dove nel 1412 vennero dissepolti e bruciati dall' Inquisizione i cadaveri di quindici catari condannati post mortem, fra cui qualche antenato di Camillo Benso di Cavour. Il fatto che i domenicani non avessero trovato più nessun eretico vivo da bruciare, ma soltanto i morti, testimonia che il catarismo italiano, a differenza del movimento valdese, non aveva trovato le risorse per sopravvivere alla persecuzione.
